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Development of duplex and triplex conventional RT-PCR for the detection of H5N1 avian influenza virus (2011)

Art

Zeitschriftenartikel / wissenschaftlicher Beitrag

Autoren

Abdelsalam, A. Z. E.

Ibrahim, M. M. M.

Abdelwhab, E. M.

Hafez, H. M.

Quelle

Archiv für Geflügelkunde

Bandzählung: 75

Heftzählung: 3

Seiten: 191 – 195

ISSN: 0003-9098

Sprache

Englisch

Kontakt

Nutztierklinik: Abteilung Geflügel

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Abstract / Zusammenfassung

Molekularbiologische Methoden zur Diagnose von aviären Influenzaviren werden aufgrund ihrer hohen Sensitivität,schnellen Durchführbarkeit sowie Kosteneffektivität bevor­zugt eingesetzt. Allerdings birgt die genetische Variabilität durch Drift und Shift bei aviären Influenzaviren, insbesondere des Subtyps H5N1, gewisse Schwierigkeiten bei der Entwicklung und dem Einsatz dieser Methoden. Dies insbesondere, da die meisten der gegenwärtig kommerziell erhältlichen molekularbiologischen Testkits auf dem Nachweis von RNA spezifisch für das H5- und/oder N1-Gen, nicht aber dem gleichzeitigen Nachweis von RNA spe­zifisch für das M1-Gen, basieren. Letzteres stellt jedoch das am besten konservierte Gen bei Influenza A Viren dar. Ohne dessen Nachweis könnten Mutanten undetektiert bleiben.

In der vorliegenden Studie wurden verschiedene Primer­sets zum gleichzeitigen Nachweis von Influenza A Virus RNA spezifisch für das H5-, N1- sowie das M1-Gen mittels Polymerasekettenreaktion (PCR) getestet und optimiert. Die Primer wurden mittels mehrerer Influenza A-Referenzvirusstämme (Subtypen H5, H7, H9 sowie H13) validiert. Die Spezifität wurde an acht verschiedenen Influ­enza A Virus-Subtypen (H5N1, H5N2, H5N9, H7N1, H7N3, H7N7, H9N2 and H13N6) getestet. Die Ergebnisse konnten zeigen, dass mittels eines Protokolls zum gleichzeitigen Nachweis von RNA gegen das H5- und N1-Gen (Duplex-Format) zwei unterschiedliche, spezifische Banden nachgewiesen werden konnten. Gleichzeitig konnten in einem weiteren Protokoll zum gleichzeitigen Nachweis von RNA des H5, N1 sowie M1-Gens (Triplex-Format) drei spezifische Banden nachgewiesen werden. Eine Überprüfung der Spezifität bestätigte, dass außer H5N1 sowohl im duplex-Format als auch im triplex-Format keine weiteren Influenza A Virus-Subtypen nachgewiesen wurden. Darüber hinaus zeigten beide Formate eine vergleichbare Sensitivität.