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Der gesamte Verdauungstrakt monogastrischer Tiere ist mit Mikroorganismen besiedelt. Der Kenntnisstand zur Biodiversität der intestinalen Mikrobiota ist auf Grund methodischer Unzulänglichkeiten noch sehr lückenhaft. Nahrungsfaktoren, wie spezifische Kohlenhydrate oder Futterzusatzstoffe (z.B. Probiotika oder NSP-hydrolysierende Enzyme) modifizieren die intestinale Mikroorganismenpopulation nachhaltig. Diese Modifikationen können die Nährstoffverdaulichkeit sowie zootechnische Leistungen der Tiere beeinflussen. Um derartige Modifikationen interpretieren zu können, müssen diese auf der Artenebene oder der Ebene von z.B. Pathogenitätsfaktoren untersucht werden. Die Erforschung der Wechselwirkungen zwischen intestinaler Mikrobiota mit der Darmschleimhaut und dem Immunsystem ist eine Voraussetzung zum Verständnis der Wirkung verschiedener Nahrungsfaktoren.