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Untersuchungen zur Stressantwort ausgewählter Campylobacter C.-jejuni-, C.-coli- und C.-lari-Stämme (2015)

Art

Hochschulschrift

Autor

Riedel, Carolin (WE 8)

Quelle

Berlin: Mensch und Buch Verlag, 2015 — 101, XXII Seiten

ISBN: 978-3-86387-567-1

Verweise

URL (Volltext): https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/8172

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Abstract / Zusammenfassung

Ziel dieser Arbeit war es, die Stressantwort von C. jejuni, C. coli und C. lari auf erhöhte Temperaturen zu charakterisieren. C. coli und C. lari zeigen gegenüber C. jejuni eine verringerte Fähigkeit, bei 46 °C zu überleben. Untersuchungen zur Expression der Hitzeschockgene mittels Real-Time qPCR konnten diese phänotypischen Unterschiede nicht vollständig erklären. Deshalb wurden in dieser Arbeit erstmalig die Veränderungen der Genexpression durch Sequenzierung der Transkriptome (RNA-Seq) bei 46 °C gegenüber 37 °C bei C. jejuni, C. coli und C. lari untersucht. Diese Form der Analyse bestätigt und erweitert das über andere Methoden wie Microarray- und RT-qPCR-Studien generierte Wissen über die Hitzeschockantwort bei C. jejuni. Darüber hinaus liefert diese Arbeit erstmalig Erkenntnisse über die Hitzeschockantwort auf transkriptioneller Ebene bei C. coli und C. lari. Die RNA-Seq-Daten zeigen erhebliche Unterschiede in der temperaturabhängigen Regulation der Genexpression. Während bei C. coli und C. lari jeweils 9 % der Gene eine signifikante Expressionsänderung zeigen, beträgt dieser Anteil bei C. jejuni nur 3 %. Bei C. jejuni weisen 89 % der regulierten Gene eine erhöhte Transkriptionsrate auf, während bei C. coli 69 % und bei C. lari 45 % der regulierten Gene eine gesteigerte Expression zeigen. Der Anteil an Genen, deren Expression in allen drei Spezies gleichermaßen reguliert wird, ist sehr gering. Kategorisiert man die differentiell exprimierten Gene, so wird deutlich, dass deren Produkte aus nahezu allen funktionellen Gruppen stammen. Besonders Gene, die für die Zellhülle, den Proteinstoffwechsel, die Proteinbiosythese als auch für Transport- und Bindungsproteine kodieren, zeigen eine gesteigerte Expression Die eigentliche Stärke der RNA-Seq liegt nicht in der genauen quantitativen Ermittlung der Genexpression, sondern in ihrem Potential, die Architektur des Transkriptoms und mögliche regulatorische Komponenten zu entschlüsseln. RNA-Seq-Experimente als zukünftiger Standard auf dem Gebiet der Genexpressionsanalysen könnten auch in der Lebensmittelmikrobiologie eine wichtige Rolle spielen, um Informationen über das Überleben von Mikroorganismen in der Lebensmittelkette und deren Anpassung an subletale Faktoren zu generieren.