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Im Kapitel 7 werden die mikrobiologischen Aspekte der Ernährung besprochen. Fallzahlen lebensmittelbedingter Infektionen und Intoxikationen sind nach dem Bundesseuchengesetz in Deutschland meldepflichtig. Dabei wurden folgende Fälle registriert: Zwischen 1995 und 1999 erkrankten (starben) 515 218 (313) Personen an Salmonellose, 501 765 (676) an "Enteritis infectiosa", 8 625 (1) an Shigellose, 565 (1) an Typhus und 388 an Paratyphus, 93 (1) an Trichinellose und 74 (3) an Botulismus. Während die Anzahl der Erkrankungen in diesem Zeitraum bei der Salmonellose um 26 % abgenommen hat, ist sie bei den übrigen infektiösen Enteritiden - hierzu zählen u. a. Infektionen mit Campylobactern, Enterohämorrhagischen Escherichia coli (EHEC), Listerien und Vibrionen - um 47 % angestiegen. Diese Entwicklung könnte auch auf eine Verbesserung der Untersuchungsmethoden zurückzuführen sein.
In den letzten Jahren war Salmonella enteritidis die häufigste Salmonellenvariante als Verursacher von Salmonellosen, gefolgt von S. typhimurium. S. enteritidis kommt besonders in Lebensmitteln vor, die mit Eiern und Geflügel zusammenhängen. S. typhimurium ist hauptsächlich in anderen Fleischsorten, vornehmlich in Schweinefleisch, nachweisbar. In den letzten zwei Jahren erreichte ein neuer Stamm von S. typhimurium, der DT 104, einen Anteil von etwa 30 % der S.-typhimurium-Infektionen. Dieser Stamm, der insbesondere bei Rindern und zunehmend auch bei Schweinen auftritt, ist gegen mehrere Antibiotika resistent.
Die Campylobacteriose steht mit 11 495 seit 1998 gemeldeten Fällen hinsichtlich der Häufigkeit an 2. Stelle. Infektionen mit Campylobacter jejuni werden hauptsächlich mit dem Verzehr von nicht ausreichend durcherhitztem Geflügelfleisch und von Rohmilch in Verbindung gebracht.
Als Ursache für eine Infektion mit EHEC ist ein breites Spektrum an Lebensmitteln überwiegend tierischen, aber auch pflanzlichen Ursprungs bekannt. Die Infektionshäufigkeit mit Listeria monocytogenes wird auf 200 Erkrankungen pro Jahr geschätzt. Die meisten Listerienstämme haben eine geringe Virulenz, und die Gehalte in Lebensmitteln sind zumeist niedrig. Problematisch können Lebensmittel werden, in denen sich Listerien während Herstellung, Verpackung und Lagerung vermehren können, so z. B. Weichkäse, vakuumverpackte Fleischerzeugnisse und vakuumverpackter Räucherfisch. Schwangere, ältere Menschen und Personen mit Immunschwäche sind besonders Listeriosegefährdet.
Die Trichinellose (Trichinose) tritt aufgrund der rechtlich vorgeschriebenen Fleischbeschau sehr selten auf. Rohe Wurst und rohes Fleisch, vor allem vom Schwein und Pferd, können von dem Fadenwurm Trichinella spiralis befallen sein. Dieser Zoonose-Erreger kann durch vollständiges Erhitzen oder Tiefgefrieren abgetötet werden. An den Eiern des kleinen Fuchsbandwurms infizieren sich Schätzungen zufolge in Süddeutschland jährlich etwa 20 Menschen. Als Maßnahme zur Vorsorge wird empfohlen, niederwachsende Waldfrüchte nur nach Erhitzen auf mindestens 60 °C zu verzehren. Bis Oktober 2000 verstarben in Großbritannien 80 Personen an der neuen Variante der "Creutzfeldt-Jacob-Erkrankung". Als Ursache, wenn auch nicht vollständig bewiesen, wird der Verzehr von Rindfleisch und daraus hergestellten Fleischprodukten, die Erreger der Bovinen Spongiformen Enzephalopathie (BSE) enthielten, angesehen. Der Druck des Ernährungsberichtes war bereits abgeschlossen, als bei einem deutschen Rind BSE festgestellt wurde, sodass der Ernährungsbericht 2000 in diesem Punkt nicht den derzeitigen Ist-Zustand widerspiegelt.
Verschiedene Einrichtungen der Gemeinschaftsverpflegung berichteten in den Jahren 1994 bis 1997 über 44 Gruppenerkrankungen an Lebensmittelinfektionen mit 1 721 Einzelfällen. Der Anteil der Salmonellosen ging in diesen Jahren von 61 % auf 26 % zurück. Es dominiert mit 43 % der Einzelfälle Bacillus cereus, gefolgt von Clostridium perfringens (15 %). Besonders risikoträchtige Speisen sind Pudding und Grießbrei sowie Kartoffel- und Nudelgerichte, die erhitzt und anschließend gekühlt werden. Eine wirksame Maßnahme zur Ausschaltung mikrobiologscher Risiken stellt das Monitoring der bekannten kritischen Temperatur-Zeit-Relationen dar.