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Die derzeit in industrialisierten Ländern produzierten, vom Tier stammenden Lebensmittel bieten ein hohes Maß an Sicherheit. Große lebensmittelassoziierte Ausbrüche mit sehr schwerwiegenden Erkrankungen und seuchenhaftem Verlauf, wie sie noch vor wenigen Jahrzehnten an der Tagesordnung waren, sind zurückgedrängt worden. Dennoch verursachen allein Zoonosen, von denen die meisten oral-alimentär übertragen werden, in der EU Kosten von über 6 Mrd. Euro pro Jahr. Bei den bakteriell verursachten Lebensmittelinfektionen dominieren seit einigen Jahren Campylobacter-Infektionen. An zweiter Stelle folgen Salmonellosen, deren Inzidenz in Deutschland jedoch rückläufig ist.
In der Zukunft stellen sich neue Herausforderungen zur Gewährleistung der Lebensmittelsicherheit, die sich u. a. aus dem demographischen Wandel (wachsender Anteil älterer Personen), der Änderung der Verzehrgewohnheiten (dem Trend zu Öko-Lebensmitteln und zu minimal prozessierten Produkten) und der Globalisierung von Warenströmen in der Lebensmittelwirtschaft ergeben. Ein Verzicht auf Lebensmittel, die vom Tier stammen, ist
weltweit nicht zu erwarten.
Der Trend zu naturnahen, artgerechten Tierhaltungssystemen führt auch dazu, dass sich Infektionsketten wieder schließen können, die bei Tierhaltungssystemen in geschlossenen Ställen unterbrochen waren. So werden erhöhte Toxoplasma gondii-Seroprävalenzen in Schweinebeständen in Freilandhaltung beobachtet. Auch liegen Studien vor, die höhere Campylobacter- und Salmonella-Prävalenzen in Freilandgeflügelbeständen im Verhältnis zu konventionellen Tierhaltungssystemen belegen. Bereits jetzt ist sichtbar, dass die globale Erwärmung zur geographischen Ausbreitung von lebensmittelassoziierten Infektionserregern führen kann. Infektionen mit Vibrionen (insbesondere Vibrio parahaemolyticus und V. vulnificus) nehmen durch die Erwärmung der Meere zu.